人防工程的防护方式有隔绝式防护和过滤式防护两种。
隔绝式防护是关闭工程所有孔口，利用工程的密闭性防止受污染空气进入室内的防护方式。室内外停止空气交换，由通风机使室内空气实施内循环的通风。其优点是安全、可靠，但是防护时间短、人员不能长期停留。
过滤式防护是将受染空气滤毒后再通过通风系统送入人防工程内的防护方式。其优点是防护时间较长，但可能有少量有害物质渗入，危害人体。此类防护必须配备空气监测、报警设备，以确保安全。
